使用超聲波清洗機時，必須要先放入液體，倒入的液體要在槽體內具有一定的高度，以保證清洗機不能在空氣狀態下啟動，以防毀壞設備。謹記禁止先啟動設備后將液體倒入，這也是操作錯誤，會導致設備使用壽命縮短，有的直接毀壞設備。與此同時，倒入的液體的溫度應當為常溫。如果把高溫液體直接倒入槽體內，可能會致使傳感器松動或脫落，干擾清洗機使用效果。
超聲波清洗機的正常運行必須有個安全衛生的作業環境，這樣才會有益于清洗作業的順利進行。例如當我們清洗有害物質時是在一個密閉的環境下進行作業，那樣有害物質需要經過大家呼吸道進入身體，對人身健康造成危害。因此當我們購置超聲波清洗機后，應將它置于干燥、通風、清潔的環境中。避開熱源，防止放置于潮濕環境中。